Добрый день.
В общем порядке безопаснее конечно начислить внереализационный доход в размере стоимости выявленных излишков и заплатить налог в рамках ОСНО или УСН (системы налогообложения, на которой находится налогоплательщик в целом; помним, что на ПСН переводятся лишь отдельные виды деятельности). Такой вариант учёта с максимальной вероятностью полностью удовлетворит ФНС.
Однако есть шанс побороться и за то, чтобы никакие дополнительные налоги не начислять, поскольку излишки выявлены в связи с деятельностью, осуществляемой на патенте. По крайней мере, в прежние годы, когда ещё был такой режим как ЕНВД (во многом очень похожий на ПСН), Минфин давал разъяснения в пользу налогоплательщиков:
Цитата: Если организация не осуществляет иных видов предпринимательской деятельности, кроме деятельности по оказанию бытовых услуг населению, в отношении которой она признается налогоплательщиком единого налога на вмененный доход, то стоимость излишков товарно-материальных ценностей, выявленных в результате инвентаризации, относится к доходам от предпринимательской деятельности в сфере оказания бытовых услуг, подлежащих налогообложению в рамках главы 26.3 Кодекса.
Цитата: Таким образом, доход организации, применяющей одновременно систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности в отношении оказания услуг общественного питания и упрощенную систему налогообложения в отношении иной предпринимательской деятельности, полученный в виде стоимости излишков материально-производственных запасов и прочего имущества, которые выявлены в результате инвентаризации, может быть признан частью дохода, полученного в связи с осуществлением предпринимательской деятельности в сфере услуг общественного питания, облагаемой единым налогом на вмененный доход, на основании соответствующего раздельного учета имущества, обязательств и хозяйственных операций.
Мне, к сожалению, не удалось найти аналогичных разъяснений применительно к ПСН. Но Вы можете поступить так: пока что учесть сумму излишков во внереализационных доходах и включить в КУДиР по УСН или НДФЛ (чтобы не забыть о ней), однако сделать пометку для себя и одновременно направить запрос в Минфин. И если получите письмо с разрешением не начислять дополнительные налоги, то Вы просто исключите эту запись. А если Минфин напишет, что учитывать всё же надо, тогда у Вас и так всё уже будет сделано правильно.